A Fepam participa de programas e projetos com recursos externos com o objetivo de instrumentalizar as ferramentas de gestão ambiental no âmbito da política de meio ambiente. 

Inicialmente foi estruturada uma Gerência de Programas e Projetos, vinculada à Diretoria Técnica, que tinha a função de coordenação e assessoramento, articulação, divulgação de resultados e identificação de áreas com necessidade para desenvolver novos programas/projetos. Essas funções atualmente foram absorvidas pelas Divisões subordinadas à Diretoria Técnica da Instituição, conforme o novo Plano de Empregos, Funções e Salários da Instituição (Lei nº. 14.431, de 8 de janeiro de 2014).