O Programa de Monitoramento da Qualidade de Água, instituído pela FEPAM para auxiliar a implementação da Política de Meio Ambiente no Estado, possui como objetivos principais:

 - Contribuir para a gestão qualitativa da água, através de ações de planejamento e monitoramento, bem como pela elaboração de relatórios e boletins de qualidade periódicos e pela divulgação de dados de monitoramento obtidos pela Rede Básica do RS operada pela FEPAM;

-  Promover a implantação e expansão da Rede Estadual de Monitoramento da Qualidade da Água - Rede Básica do RS  e auxiliar a Agência Nacional de Águas - ANA na gestão federal de recursos hídricos.

A FEPAM vem contando com a parceria da ANA desde os anos 2000, a partir da segunda fase do Programa Nacional de Avaliação da Qualidade das Águas - PNQA II e, nos anos 2010, pela firmatura de convênio e contrato associados ao Programa de Estímulo à Divulgação de Dados de Qualidade de Água - Qualiágua. Através do contrato nº 015/2016/ANA – Qualiágua a FEPAM retomou a implantação e vem realizando a expansão da Rede Básica do RS, tendo recebido equipamentos de campo e de laboratório, treinamentos de recursos humanos e premiação financeira por metas alcançadas.

 No ano de 2022 a Rede Básica do RS passou a contar com 221 estações de monitoramento em operação, distribuídas em todo o território gaúcho, abrangendo as suas três regiões hidrográficas (Guaíba, Litoral e Uruguai). A periodicidade e os parâmetros analisados são aqueles definidos no programa Qualiágua que possui, dentre os seus principais objetivos, padronizar critérios e métodos de monitoramento da qualidade da água superficial.